Това е състояние, при което микробният състав в червата на бебето не се контролира правилно.  В червата на всички хора живеят полезни и вредни бактерии. Симптомите на дисбактериоза при възрастните са меки изпражнения и болки в корема. При бебетата подобно неразположение протича различно, защото организмът им не може самостоятелно да се справи със стафилококите. Това води до диария, запек, обриви, апетитът се влошава и те не наддават добре. Не се препоръчва употребата на медикаменти, тъй като е необходимо да се развие собствената микрофлора на детето. Също така приемът на лекарства води до умиране, вместо до размножаване на собствените бактерии.  При деца до три годишна възраст състоянието на микрофлората  е доста непостоянна. Това се дължи на въвеждането на нови храни, никненето на зъби и настинка. Дисбактериозата на червата може да бъде съпътстващ елемент при вече настъпила друга болест. Например това може да са: глисти и паразити; хронични инфекциозни заболявания; ендокринни заболявания.

В състава на чревната микрофлора не се изискват микробиоогични корекции. Като това могат да бъдат следните отклонения:

- увеличаване количеството на чревната пръчица с нормална ензимна активност;

- увеличаване количеството на чревната пръчица с понижена ензимна активност над 10%, ако няма оплаквания;

- увеличаване количеството ентерококи над 25%, ако няма оплаквания;

- наличие на нехемолизиращи коки до 25%, ако няма оплаквания;

- наличие на условно патогенни микроби в количество под 10%, ако няма оплакване;

- наличие на гъбички кандида в количество от 104 или други условно патогенни бактерии в количество под 103;

- всякакъв вид увеличаване на бифидо- и лактобактериите;

- намаляване на бифидо- и лактобактериите до 106;

- намаляване на количеството чремна пръчица с нормална ензимна активност до 100 млн./г. при бебета до една година и до 200 млн./г. при по-големи деца или възрастни.

Намаляването на количеството чревна пръчица с нормална ензимна активност не изисква лечение с колисъдържащи препарати, тъй като най-често това е вторичен ефект в отговор на наличие на огнища на хронична инфекция в организма, и чревната пръчица самостоятелно се възстановява при ликвидиране на тези огнища.

При лекарско съмнение в диагнозата е необходимо нужните изследвания да се повторят.